西双版纳南药园以展现丰富独特的南药资源为主，配以多彩神奇的民族民间药文化，充分体现赋予人类健康理念的药用植物和民族民间药文化，并按照不同药用植物的生长习性与特点、药文化内涵的不同，划分为十三个功能区。

　　（一）药文化广场
　　药文化广场位于大门入口处，占地面积约9.3亩。由12南药图腾柱、南药园园标、浮雕墙—“龚巴拉别的传说”、表演台、花台、停车场等组成。广场正面为12棵雄伟壮观的图腾柱，每棵柱上刻有两种药效类同的南药植物形象，如抗癌植物药—美登木和三尖杉、降血压植物药—萝芙木和长春花、补益植物药—巴戟和石斛等。柱顶为六种具鲜明特征的傣族吉祥物雕塑，栩栩入生，两边对称排列。12图腾柱中间为南药园园标，借形于树叶，象征药用植物，轮廓外形是“药”字拼音声母“Y”的变形。十二个棵柱的设计是寓义“西双版纳”，傣语“西双”是 “十二”之意，历史上“双西版纳”曾称“十二版纳”。广场左侧是弧形浮雕墙—“龚巴拉别的传说”，面积约100m2，取材于傣族长诗《兰嘎西贺》和古文献《巴沙克告勒》。龚巴拉别是传说中的“摩雅傣”（傣族医生）的祖师，他不仅是傣医的始祖，而且是傣医药的传播者。

　　(二) 荫园
　　荫园占地面积约25.9亩，以收集野生姜科药用植物种质资源为主，现保存有野生姜科药用植物约11属50余种，其中包括我国一些重要的南药品种，如阳春砂仁、绿壳砂仁、益智、白豆蔻、爪哇白豆蔻、九翅豆蔻、草果、云南草蔻、红豆蔻、草豆蔻、闭鞘姜、姜黄、莪术、红球姜等。

　　(三) 南药秘境
　　南药秘境占地面积约26.3亩，是早期建立的药用植物标本园，收集保存以民族药为主的各类药用植物，现收集保存药用植物330余种，其中包括喜树、杜仲、肉豆蔻、金鸡纳、灯台树、三尖杉、神秘果、八角香兰等著名的中药或民族药用植物。

　　(四) 百草园
　　百草园占地面积约22.3亩，以收集保存各种观赏药用植物为主，按区位分为北百草园和南百草园两个功能区。北百草园以收集草药为主，现保存有药用植物130余种；南百草园以收集藤本药为主，现保存有药用植物110余种。

　　(五) 傣药园
　　傣药是我国的四大民族药（藏、蒙、维、傣）之一，具有2500多年的悠久历史。傣药园占地面积约10亩，现收集保存有常用傣药植物200余种，是我国最大的傣药种质资源收集栽培基地，根据傣族医学的“四塔”理论划分为“风、火、水、土”四个种植区。水塔区收集了各种具有清火解毒、利水消肿、活血生肌、止痛功效的傣药，如三台红花、文殊兰等；风塔区收集各种可治疗惊厥、抽搐、腹泻、咳嗽等风病的傣药，如海红豆、刺蕊草等；土塔区收集各种治疗消化不良、腹痛泻下、胃脘胀满、不思饮食等土病的傣药，如八角香兰、黑叶接骨草等；火塔区收集有各种可治疗高热、咽喉红肿疼痛、肢体红肿疼痛、大便干结、小便短赤、尿血、便血等火病的傣药，如红花丹、竹节黄等。

　　(六) 兰园
　　兰园占地面积约3.3亩，以收集和保存兰科种质资源为主，现保存有野生兰科植物200余种，其中包括药用石斛30余种，并展示有多种卡特兰和万带兰等观赏洋兰品种，另收集有蕨类、天南星科、龙舌兰科等的各种热带观赏植物。

　　(七) 槟榔园
　　槟榔是我国四大南药之一。槟榔园占地面积27.8亩，现收集保存有棕榈科植物40余种。其中包括槟榔、假槟榔、三药槟榔、贝叶棕、董棕、蒲葵等多种药用观赏棕榈及加拿利海枣、国王椰子、狐尾椰子、酒瓶椰子、霸王棕、象鼻棕等观赏棕榈。

　　(八) 秀园
　　秀园占地面积约5.4亩，以收集保存各种修剪整形药用植物为主，现种植有叶子花、鹊肾树、肖黄芦、九里香、榕树等易修剪的药用观赏植物，景