云南分所主要以南药种植推广研究、热带药用植物资源保护、民族民间医药的发掘整理和利用为科研任务，设有热带药用植物栽培中心（含南药GAP研究室、民族药栽培研究室、引种驯化室、组织培养室）、热带药用植物多样性保护中心（含南药园、野生药用植物保护区、热带药用植物标本馆）、南药研发中心3个科研中心。收集整理并出版了《南药栽培技术》、《西双版纳药用植物名录》、《中国佤族医药》（1—4册）、《西双版纳哈尼族医药》、《森林药物资源学》、《中草药栽培技术》、《基诺族医药》等10多部科技著作，发表学术论文 150余篇。获得科技成果30余项，其中省部级以上科技成果奖8项，其中“阳春砂仁引种栽培推广”项目成果在西双版纳的推广种植获得了具大的社会效益和经济效益，为当地山区农民的脱贫致富做出了积极的贡献。“十五”期间，承担科研项目16项，其中国家级课题5项。

　　1994年前共有获奖成果21项，其中国家级1项，省部级5项，地州级11项，其他4项。